从Rscript交互运行R

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从Rscript交互运行R

我正在尝试从Rscript启动一个闪亮的应用程序或交互式的.Rmd文档。 但是，我得到的只是一个消息

在http://127.0.0.1上监听：...

我认为这是因为R正在交互模式下运行（另一篇帖子关于此）。 我该如何编写正确的Rscript，以便以下任何一个都可以工作？

我的脚本

#!/usr/bin/Rscript
## This
library(shiny)
runApp(appDir = "../app")
## Or this
## rmarkdown::run("Main.Rmd")

admin 更改状态以发布 2023年5月24日
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2 答案

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感谢 @nrussell，你的示例对我帮助很大！

这是我为在 Windows 10 上启动交互式 markdown 文件的解决方案。

REM Change to correct directory
cd "C:\Users\me\Documents\project_folder\"
REM Print files available (not required, but helpful)
dir
REM Point system to R's Pandoc with Rscript then launch
"C:\Program Files\R\R-4.0.3\bin\Rscript.exe" -e ^
"Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='C:/Users/me/Documents/RStudio/bin/pandoc'); rmarkdown::run(file = 'myInteractiveMarkdown.Rmd', shiny_args = list(launch.browser = TRUE, host = '127.0.0.1'))"

我最初发现了两个错误：

  1. 当我没有将系统环境指向 R 的 pandoc 时，它会给出错误消息error pandoc version 1.12.3 or higher is required，我通过这里的说明解决了这个问题。
  2. 当我在 shiny_args 中设置端口时，批处理文件的后续执行会出现端口已被占用的错误。
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如果我理解你的问题正确，我可以用 littler 实现这个目标，我用它来代替 Rscript，用于围绕R执行脚本任务。我正在运行CentOS 7，根据你问题中的代码，看起来你正在使用类Unix的机器，所以安装littler不应该是问题。为了最小化可复现性，我使用了RStudio提供的默认shiny应用程序和基于shiny的Rmarkdown模板，将它们分别保存为testapp（项目/应用程序目录名称）和testRMD.rmd。然后，我有以下脚本：

testapp.r 

#!/usr/bin/env r
shiny::runApp(
  "~/tmp/delete/testapp",
  port = 7088, 
  launch.browser = TRUE,
  host = "127.0.0.1")

testRMD.r 

#!/usr/bin/env r
rmarkdown::run(
  file = "testRMD.rmd",
  dir = "~/tmp/delete",
  shiny_args = list(
    port = 7088,
    launch.browser = TRUE,
    host = "127.0.0.1"))

设置这些文件的权限，以便可以执行它们 - 

[nathan@nrussell R]$ chmod +x testapp.r testRMD.r

(chmod +u ... 就足够了，但无论如何...), 你应该准备好从终端运行它们了，等等...

[nathan@nrussell R]$ ./testapp.r
Loading required package: shiny
Listening on http://127.0.0.1:7088

enter image description here

[nathan@nrussell R]$ ./testRMD.r
Loading required package: shiny
Listening on http://127.0.0.1:7088

enter image description here

有一些额外的命令行输出用于Rmd文件，我省略了它们，但如果需要，它们可以很容易地被抑制。总之，这似乎正常工作 - shiny应用程序和Rmarkdown应用程序都是互动的，就像从RStudio启动一样 - 但是如果你有其他的想法，请澄清。

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