包含相同的JavaScript库两次会有什么危险？

我正在处理的一个web应用程序由许多部分HTML文件组成。如果部分需要像YUI这样的JavaScript库，那么YUI库就会被包含在这个部分中。

当这些部分在运行时合并时，结果HTML中经常包含多次YUI库。

我发现多次包含jQuery会产生奇怪的行为，特别是在使用AJAX时。为什么多次包含相同的JavaScript库是个坏主意？为什么它只有时而引起问题？