在使用git时，一般情况下，未提交的更改是不好的。要么你的更改是好的，那就提交它们，要么它们是不好的，那就丢弃它们。在有未提交更改的情况下进行任何git操作往往会引起问题，因为git并不知道你没有提交的任何内容，所以git无法帮助你。

说完这个，回到你的问题上。

Git通常是非常智能的。当你应用你的存储时，它会尝试将你的更改与其他更改合并。大多数情况下，这只是起作用的。

如果更改真的发生冲突，因为你以不同的方式更改了相同的行，git会告诉你，你必须自己解决冲突。即使在这种情况下，git也会通过git mergetool来帮助你，它会启动一个适当的命令来显示冲突，并允许你逐个解决它们。

讨论（本答案的第一段）可能更适合放在评论中，而不是答案中。

Git stash and apply是一个用于保存和恢复工作进度的git命令。当我们在工作过程中需要切换到其他分支进行修复或更新时，可以使用git stash命令将当前的工作进度保存起来，然后切换分支进行其他操作。当我们完成其他操作后，可以使用git stash apply命令将之前保存的工作进度恢复回来。

然而，在使用git stash和apply命令时，有时会出现冲突的情况。当我们在切换分支后，对文件进行了修改，而在恢复工作进度时发现与之前保存的工作进度产生了冲突。此时，git stash并不会立即删除之前保存的工作进度，而是保留下来供我们处理冲突。我们可以通过git stash list命令查看之前保存的工作进度的SHA1值，然后使用git checkout命令切换到对应的版本，再使用git stash apply命令将工作进度恢复回来。这样，我们就可以解决冲突并继续之前的工作。

为了更好地处理这种情况，我们还可以使用git stash branch命令。该命令可以将三个步骤（切换到保存的工作进度适用的版本、创建新分支、应用工作进度并在成功应用后删除工作进度）合并成一步。我们可以使用以下命令来实现：

git stash branch 

这样，我们就可以方便地在新分支下恢复之前保存的工作进度，并且在成功应用后删除工作进度。

总之，git stash和apply命令可以帮助我们保存和恢复工作进度，避免在切换分支时丢失修改。当出现冲突时，我们可以通过查看保存的工作进度的SHA1值和使用git stash apply命令来解决冲突。另外，使用git stash branch命令可以更方便地进行保存和恢复工作进度的操作。

原因：

git stash命令会在当前的HEAD commit上创建一个特殊的merge commit（称为stash-bag），存储了暂存的更改。而git stash apply命令会尝试将这些更改应用到当前所在的不同的commit上。

解决方法：

1. 当你完成了这些更改后，应该使用git stash drop命令将stash-bag从它所在的commit上移除。

2. 如果你不喜欢apply的结果，想要稍后再试，建议将apply和drop两个步骤分开使用。

git stash and apply问题的出现原因和解决方法

git stash命令会在当前的HEAD commit上创建一个特殊的merge commit（stash-bag），存储了暂存的更改。当你完成了这些更改后，应该使用git stash drop命令将stash-bag从它所在的commit上移除。git stash apply命令会尝试将这些更改应用到当前所在的不同的commit上。

git stash命令相对来说比较复杂，要真正理解git stash，需要了解commit、branch、index/staging-area、git的引用命名空间以及合并等的工作原理。因为git stash会创建一个特殊的merge commit，并且这个merge commit不属于任何分支，而git stash apply命令会使用git的合并机制来尝试“重新应用”在创建这个特殊merge commit时保存的更改，可选地保留已暂存和未暂存更改之间的区别。

幸运的是，你不需要完全理解这些原理才能使用git stash。当你在某个分支（比如master）上工作，并且有一些还没有准备好的更改时，不想将它们提交到分支上，同时又想从远程仓库的origin/master分支上获取一些新的提交时，可以使用git stash命令来保存这些更改并保持工作目录的干净。然后可以执行git pull来拉取远程仓库的提交。

在执行git stash命令后，stash-bag会被挂在你运行git stash命令时所在的commit上。这个commit是你在master分支上运行git stash命令之前的commit。当你运行git pull命令后，提交D和E会被添加到你的本地master分支上，此时stash-bag仍然挂在之前的commit上。

如果你在本地master分支上已经进行了一些自己的提交，运行git stash命令后再运行git pull命令，会产生一个真正的合并（merge）而不是快进（fast forward）。这时会生成一个新的合并提交M。这个时候，origin/master标签仍然指向提交E，而你所在的master分支指向合并提交M，它是提交E和你的提交Z的合并。你在origin/master分支上领先一个提交。

不管是哪种情况，在执行git stash apply命令时，stash脚本会执行git diff stash^ stash > /tmp/patch和git apply /tmp/patch命令。这个命令会对比stash（即w的部分）和正确的父提交（C或Z），找出“你做了什么”并将更改应用到当前所在的提交上（E或M）。

总之，一旦stash成功应用，你可以使用git stash drop命令删除对stash-bag的引用，从而使它可以被垃圾回收。在删除之前，stash-bag有一个引用（refs/stash或stash@{0}），所以它会一直存在，除非你创建了一个新的stash，这会将当前的stash推送到stash reflog中（引用变为stash@{1}），并将新的stash使用refs/stash名称。stash保留的时间默认是永久的，但如果你进行了其他配置，推送的stash可能会丢失。

需要注意的是，git stash drop命令会弹出stash栈，重新编号stash@{2}为stash@{1}，将stash@{1}变为普通的stash。可以使用git stash list命令查看stash栈。

以上就是关于git stash and apply问题的出现原因和解决方法的整理。