在多个输入文件上运行shell程序

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在多个输入文件上运行shell程序

如何设置一个命令行程序来运行文件夹中的所有输入文件？\n假设我的输入文件的命名方式如下，并且在_和.txt之间的部分是不同的：\n

IsomiR_377G.txt,
IsomiR_377R.txt,
IsomiR_379G.txt,
....

\n我的程序名为bowtie，有两个选项input和output\nbowtie -i IsomiR_377G.txt -o IsomiR_377G.sam \n考虑到以下内容：\n

for f in IsomiR_*.txt
do
    bowtie -i "$f"  -o "Output${f#IsomiR}" 
done

\n我在awk函数中遇到了类似的问题：\n

for f in IsomiR_*.txt 
do 
awk '{printf ">%s_%s\n %s\n",$1,$2,$1;}' "$f" > "Header${f#IsomiR}" 
done
-bash: syntax error near unexpected token `>'

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1 答案

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问题的出现原因是需要在多个输入文件上运行相应的shell程序，而不是手动逐个运行命令。解决方法是使用一个循环来处理多个输入文件，并根据文件名生成相应的输出文件名。

假设有以下三个输入文件：

IsomiR_377G.txt
IsomiR_377R.txt
IsomiR_379G.txt

希望运行相应的命令：

bowtie -i IsomiR_377G.txt -o output377G.sam
bowtie -i IsomiR_377R.txt -o output377R.sam
bowtie -i IsomiR_379G.txt -o output379G.sam

可以使用类似于问题中的循环来实现：

for f in IsomiR_*.txt; do 
    base_name=${f%.txt}
    id=${base_name#*_}
    bowtie -i "$f" -o "output${id}.sam"
done

这个循环中，首先通过删除文件名的.txt后缀和从第一个_之前的所有内容，得到ID，并将其用于生成输出文件名。

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