当AngularJS遇到transclude指令时，它会在用template或templateUrl内容替换之前克隆HTML。然后，当遇到ng-transclude指令时，它会编译被传递的内容，但是将它链接到父作用域而不是指令的隔离作用域。因此，被传递的内容仍然可以访问父控制器及其内容，而指令的HTML具有隔离作用域（或者可能是一个新的作用域）。

这个问题的出现是因为当使用transclude指令时，被传递内容的作用域会被链接到父作用域，而不是指令的隔离作用域。这可能会导致在指令内部无法访问父作用域的数据或方法，限制了指令的灵活性和可复用性。

解决这个问题的方法是使用$compile服务手动链接被传递内容的作用域到指令的隔离作用域。通过在指令的链接函数中获取transcludeFn，并将其链接到指令的作用域，可以实现这一点。

以下是一个示例代码，演示了如何解决这个问题：

angular.module('myApp').directive('myDirective', function($compile) {
  return {
    restrict: 'E',
    transclude: true,
    scope: {},
    template: '
Directive Content:
',
    link: function(scope, element, attrs, ctrl, transcludeFn) {
      transcludeFn(scope, function(clone) {
        element.append(clone);
      });
    }
  };
});

在这个例子中，我们创建了一个名为myDirective的自定义指令。在指令的链接函数中，我们使用$compile服务手动链接被传递内容的作用域到指令的隔离作用域。通过调用transcludeFn并将其链接到指令的作用域，我们可以确保被传递的内容可以访问指令的作用域。

通过使用$compile服务手动链接被传递内容的作用域，我们可以解决指令内部无法访问父作用域的问题，从而增加指令的灵活性和可复用性。

在上述代码中，我们可以看到两个自定义的指令：state和city。state指令内部有一个controller函数，用来获取父级作用域的变量myName。city指令通过require属性将state指令作为依赖，并在link函数中获取state指令内部controller的方法getName()返回的值，并将其赋值给自己的作用域变量parentName。

这种情况下的问题是，当父级作用域的变量myName是一个可能会发生变化的数组时，在视图中不会实时更新。为了解决这个问题，可以使用$scope.$watch()来监听这个变量，当它发生变化时更新视图。

以下是修改后的代码：

var app = angular.module('myApp', []);
app.controller("CountryCtrl",function($scope){
    $scope.myName = "India";
});
app.controller("StateCtrl",function($scope){
});
app.directive("state",function(){return {
    restrict : 'E',
    transclude: true,
    scope : { myName  : '=nameofthestate'},
    template:"**   {{myName}} is inside {{$parent.myName}}",
    controller: function ($scope) {
        this.getName = function () {
            return $scope.myName;
        }
    }
}});
app.directive("city",function(){return {
    restrict : 'E',
    require:'^state',
    scope : { myName  : '=nameofthecity'},
    template:"****   {{myName}} is inside {{parentName}} which is in {{$parent.myName }} ",
    link: function(scope, element, attrs, ctrl) {
        scope.parentName = ctrl.getName();
        // 监听父级作用域的变量myName
        scope.$watch(function() {
            return scope.$parent.myName;
        }, function(newVal) {
            scope.parentName = newVal;
        });
    }
}});

在city指令的link函数中添加了一个$scope.$watch()，监听父级作用域的变量myName，并在变化时更新city指令的作用域变量parentName。

这样，当父级作用域的变量myName发生变化时，city指令的视图也会实时更新。

在AngularJS中，当自定义指令嵌套时，有时候子指令需要访问父指令的作用域。但是在一些情况下，子指令无法直接访问父指令的作用域，这就是问题“Custom child directive accessing scope of parent”出现的原因。

在给定的内容中，问题的原因是父指令的作用域是被传递的，它继承自控制器的作用域。这就是为什么$parent.MyName = India。此外，由于state指令的作用域是隔离的(scope = {} )，所以传递作用域的$parent是state指令的作用域。这就是为什么$parent.$parent.MyName = Tamilnadu。这是Angular 1.3更新的一部分。

解决这个问题的方法是使用transclude属性。当指令使用transclude: true时，它会创建一个新的“传递”子作用域，该作用域从父作用域继承。如果指令还创建了一个隔离作用域，传递作用域和隔离作用域将成为兄弟作用域。每个作用域的$parent属性引用同一个父作用域。

在Angular 1.3更新中，如果指令还创建了一个隔离作用域，传递作用域现在成为隔离作用域的子作用域。传递作用域和隔离作用域不再是兄弟作用域。传递作用域的$parent属性现在引用隔离作用域。

此外，Matthew的回答也提到了父子指令之间的通信问题。